EspINA

FLUJO DE TRABAJO

EspINA es una herramienta fácil de usar que realiza la segmentación y análisis de elementos en un volumen 3D reconstruido del cerebro, y facilita y acelera enormemente estos procesos. Permite la visualización y segmentación de grandes conjuntos de datos de pilas de imágenes, tanto de microscopía electrónica (por ejemplo, FIB/SEM) como de microscopía láser confocal.

EXPLORA

Navegación 3D natural sobre los planos ortogonales

Navegación fluida por las diferentes secciones de la pila mediante tres vistas planas. Se puede realizar una visualización simultánea de diferentes canales en tinciones personalizadas y propiedades de intensidad/contraste. Los marcadores de navegación ayudan a encontrar fácilmente lugares de pila

SEGMENTA

Las estructuras cerebrales se pueden segmentar individualmente para su posterior análisis

Identifica tantos elementos como desee utilizando nuestra clasificación o amplíela según sea necesario. Reconstrúyalos utilizando nuestras herramientas manuales o semiautomáticas

EDITA

Surtido de herramientas para mejorar las segmentaciones

Si el resultado de la segmentación no es del todo satisfactorio, proporcionamos un conjunto de herramientas para mejorar su morfología de forma automática o manual

VISUALIZA

Varias representaciones 2D y 3D

Las características geométricas de los elementos segmentados son relevantes para su función. Diferentes visualizaciones 3D proporcionan vistas detalladas de cada elemento segmentado

ANALIZA

Obtén múltiples medidas de estructuras segmentadas

El último paso de la sesión de trabajo es la extracción de medidas para cada objeto segmentado. Se puede seleccionar una lista de características y parámetros morfométricos para exportarlos fácilmente al formato de hoja de cálculo estándar .csv o .xls

Y MÁS...

Amplía las capacidades de EspINA con complementos

Se pueden agregar nuevas herramientas, visualizaciones e informes a través de nuestro sistema de complementos. Incluso puedes agregar el tuyo propio

TUTORIALES

Aprende los conceptos básicos para empezar a trabajar con EspINA. En este tutorial se muestran los escenarios más comunes durante una sesión de análisis.

Workflow básico

Segmento basado en similitud de niveles de grises. Identifique y seleccione lo que desea segmentar y deje que EspINA lo reconstruya basándose en la similitud del nivel de grises.

Segmentación de nivel de grises

Segmenta exactamente lo que quieras. Siempre que las herramientas de segmentación automática no se adapten a sus necesidades, le proporcionamos herramientas de edición manual para que pueda decidir segmentar exactamente lo que desea.

Segmentación a mano alzada

Mejorar las segmentaciones. EspINA proporciona un conjunto de herramientas para potenciar aquellas segmentaciones que necesiten mejorar.

Herramientas de edición

Visualización de segmentación flexible. Personalice la visualización de segmentación para producir y exportar cifras asombrosas para sus publicaciones.

Representaciones visuales

Datos de segmentación y mediciones. Crea y exporta informes automáticos a partir de datos de segmentación y mediciones de tu interés.

Informes y análisis

Cargue su pila de imágenes (puede usar archivos .tif o .mhd) usando el menú «Abrir archivo»
Crear una nueva segmentación
Editar segmentaciones automáticamente
Editar segmentaciones manualmente (usando diferentes herramientas)
Visualiza segmentaciones en 3D
Segmentaciones de colores según diferentes criterios: categoría, número, tamaño…
Obtenga diferentes medidas de las segmentaciones: seleccione «Analizar» en la barra de herramientas y elija las medidas a incluir en los informes
Guarde los informes como una tabla de datos (.xls)
Guarde la segmentación de su archivo como .seg

Cree una nueva segmentación utilizando una herramienta de segmentación de nivel de grises
Elija el color de píxel apropiado para su muestra
Modifique los valores de umbral para segmentar los vóxeles que se ajustan a los niveles de gris del objeto.

Crea segmentaciones individuales usando un lápiz 2D
Cree una nueva segmentación utilizando un lápiz 2D de múltiples trazos, que permite dibujar cortes consecutivos de la pila.
Crea segmentaciones individuales usando la herramienta de contorno.

OPERACIONES MORFOLÓGICAS